Wenn du es grafisch magst, im Nautilus die Dateien auswählen, rechtsklick, und dann convertAudioTo (oder so ähnlich) auswählen. Das Plugin sollte je nach Distri in einem Paket mit dem Namen nautilus-script-audio-convert oder ähnlich zu finden sein.
oder mit diesem grafischen Tool: http://www.wikihow.com/Convert-MP3-to-WAV-in-Ubuntu
Alles schon dabei.
Alternativ im Verzeichnis wo die Dateien liegen einfach
for i in *.mp3; do lame --decode "$i" -o "`basename "$i" .mp3`.wav"; done;
ausführen